Nach der Erweiterung des Instituts (1921) sind die meisten offiziellen Einrichtungen im als Nebenhaus bezeichneten Gebäude, In den Zelten 9a, untergebracht. In Selbstdarstellungen wird die Zahl der Räume des Instituts oft mit 115 angegeben. Dies trifft zwar für die beiden Gebäude zu, dem Institut selber stehen jedoch wesentlich weniger Räume zur Verfügung.

Im alten Palais Joachim haben die Gründer des Instituts Magnus Hirschfeld, Arthur Kronfeld und Friedrich Wertheim ihre Arbeitsräume, zugleich wohnen Hirschfeld mit seinem Freund Karl Giese 4 und Kronfeld im Institut. Arbeits- und Wohnräume sind nicht strikt getrennt, so befindet sich im Erdgeschoß ein kombiniertes Wohn- und Eßzimmer sowie ein kleiner Vorlesungssaal. Im ersten Stock befinden sich Hirschfelds und Gieses private Zimmer, die für Feste und kleinere Gesellschaften offen sind 5 .

In den Zelten 9a wohnen sowohl weitere Mitarbeiter und Freunde des Instituts – einige Kommunisten wie Willi Münzenberg -, in deren Durchgangszimmern und Korridoren sich Teile des Archivs befinden, als auch “gewöhnliche” Mieter, von denen nur einige nach und nach ausziehen. Im Nebenhaus gibt es zudem Räume für Besucher des Instituts, die von auswärts kommen und dort zur Pension wohnen können 6 . Im Dachgeschoß der 9a finden sich ferner Räume für Personen, die in Strafsachen zur Begutachtung ins Institut gebracht werden. Die Schilderungen der Zeitzeugen über diesen Sachverhalt differieren jedoch erheblich. Während eine Bewohnerin von einer “streng isolierten” obersten Etage mit “bewachten Gefangenen-Zellen” berichtet, schildert ein anderer Gast die Wohnsituation der Männer, denen Sexualdelikte zur Last gelegt wurden, als frei und offen, lediglich Zivildetektive hätten gegenüber dem Haus darauf geachtet, dass diese das Haus nicht verließen.